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ChIPシーケンス

ChIPシーケンス
転写調整因子などのDNA結合タンパク質とDNAとの相互作用を網羅的に確認します。

サービス概要

 クロマチン免疫沈降(Chromatin immunoprecipitation、略称 ChIP)は抗体を用いて特定のタンパク質に結合(相互作用)するDNA領域を回収する手法です。
 クロマチン免疫沈降(ChIP)と、次世代シーケンスを組み合わせることによって、転写調節因子やクロマチン結合タンパク質とDNAの結合部位を解析することが可能です。

 クロマチン免疫沈降により得られたChIP産物をシーケンスすることで得られたリード情報は、特定タンパク質の結合領域を指し示す配列情報の集合体です。リード情報をリファレンスに対してマッピングした場合、リードの集中する箇所が結合領域としてピーク状に検出されます。この領域情報、ピークコールなどの結果を納品します。
 なお、タンパク質・DNAにより結合能やその力価が異なり ChIP条件(回収に最適な断片サイズなど)は一様ではないため、ChIP産物の回収まではお客様にて調製をお願いしております。ご了承ください。

実施可能なアプリケーション例

 HiSeq2500, 50bp, single end,でシーケンスを行う場合には、6検体程度のサンプルをまとめてシーケンスすることが可能です。
 NovaSeq6000, 150bp, paired end, 6 Gb /samplemでシーケンスを行うことも可能です。こちらの場合は、サンプル単位でご依頼に対応をします。

<代表的な仕様>
 ライブラリ調製:TruSeq ChIP Library Preparation Kit
 シーケンス条件:HiSeq2500, 50bp, single end, 6 検体/ 1 lane
  (シーケンス条件:NovaSeq6000, 150bp, paired end, 6 Gb /sample)
 データ解析  :マッピング、ピークコール








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